Nacido en Berlín, capital de la antigua República Democrática de Alemania, en 1955. Estudió en la Academia de Cine y Televisión de Postdam-Babelsberg entre 1978 y 1983. Su primer documental, Wozu denn über diese Leute einen Film? (¿Por qué un documental sobre esta gente?) —realizado en su totalidad con material adquirido en el mercado negro—, fue censurado para su exhibición pública. Tras la desaparición de la RDA, a finales de los años ochenta, los documentales de Heise llamaron la atención del público nacional e internacional. Desde 2007 es profesor de cine en la Escuela de Artes y Diseño de Karlsruhe.